王仙芝死后，余众一部分南下，活动于江浙一带；另一部分则由尚让率领北上，与黄巢会师于亳州。众将推黄巢为黄王，号称“冲天大将军”，改元王霸， 并设官分职，驱河南、山南之民十馀万劫掠淮南。
曾元裕在申州击败草贼，死者数万人。皇帝因为宋威讨贼无功，让曾元裕代替他做招讨使，张自勉为副使。黄巢率军袭破了沂、濮二州曾元裕在荆、襄，援兵被阻隔，朝廷任命张自勉伟东北面行营招讨使，督兵进剿农民军。黄巢欲进兵襄邑、雍丘，为滑州节度使李峄所阻。
乾符五年（878年）三月，巢攻打叶城、阳翟，欲进攻东都，左神武大将军刘景仁率兵五千援东都，朝廷诏命河阳兵千人开赴东都，与宣武、昭义兵守卫宫阙。河阳节度使郑延休率兵三千驻守河阴。黄巢军进攻汴（今河南开封）、宋（治今河南商丘）二州，为东南面行营招讨使张自勉所阻，转攻卫南（今河南滑县东北）、叶（河南叶县）、阳翟（河南禹县）等地，朝廷征调义成军节度使的三千人守卫东都附近的伊阙、武牢等地，河南一时势壮。
降而复叛
黄巢在江西的兵马，被镇海军节度使高骈剿灭；进攻新郑、郏城、襄城、阳翟的兵马，被崔安潜打退；在浙西的，被浙西节度使裴璩攻击，死者甚众。黄巢十分沮丧，乃拜见天平军乞降，诏命黄巢为右卫将军。
黄巢估量藩镇不一，不足制己，又反叛。八月，黄巢军进攻宣州，高骈派遣大将张潾、梁缵在南陵攻打草贼，打败了他们，草军秦彦、毕师铎等纷纷投降。于是草军又进入浙东，抓获越州观察使崔璆。黄巢带兵越过江西，与旧部王重隐相呼应，攻破虔、吉、饶、信等州。
乾符五年（878年）十二月，农民军经婺州至衢州，又劈山开路，打通了到建州（今福建建瓯）的七百里山路。进入福州（今属福建）。观察使韦岫战不胜，弃城逃跑，农民军进入了福建。农民军进入福建后烧官府、杀官吏。焚烧室庐，杀人如麻。时六年三月也。
当初，军中盛传：“遇到儒者就杀，军队必定覆灭。”黄巢进入福建后，但凡俘虏自称为儒者的皆释而不问。当草军经过崇文馆校书郎黄璞门前时即下令说：“这是读书人家，灭掉火把，不要焚烧”寻找隐士周朴，找到后，问他：“能从我乎？”周朴回答道：“我尚不仕天子，安能从贼？”黄巢一怒之下斩杀了周朴。当时福建诸州都失陷可，朝廷下诏高骈为诸道行营都统来抵御草贼。
挺进岭南
乾符六年（879年）九月，黄巢翻越五岭，攻陷桂管，兵围广州，却并没有立即攻城。反而托被俘虏了的越州观察使崔璆写信给困守在广州城内的岭南东道节度使李迢。让李迢向朝廷上书，求表为天平军节度使。宰相郑畋与枢密使杨复恭奏，欲请授同正员将军。宰相卢携、宦官田令孜执意不可。黄巢又请求任安南都护、广州节度使。亦不允。右仆射于琮议：“南海市舶利不罚，贼得到更富，而国家财用屈。” 乃拜巢率府率。请授率府率，如果黄巢不接受，就让高骈去讨伐他。黄巢见到诏书后，大骂执政。急攻广州，仅一天，即破城，生擒李迢，自称“义军百万都统”，并发布檄文，斥责朝廷宦官柄朝，污垢败坏纲纪，指他们和宫中人贿赂勾结情况，选贡不当，禁止刺史殖财产，县令贪赃的家族，他们当时很疲惫。
宰相王铎毛遂自荐请求讨伐黄巢，天子于是任命王铎为荆南节度使、南面行营招讨都统，率诸道兵进讨。王铎屯兵在江陵，请求任命泰宁军节度使李系为招讨副使、湖南观察使，作为先锋屯兵潭州。
黄巢军已转战各地多年，这次占领广州，“欲据南海之地，永为巢穴”，作为反抗唐朝统治的根据地。但在这一年，从春至夏，疫病大为流行，不少义军将士染上了疫病，死者十三四，部下“劝请北归，以图大利” 。黄巢见在广州难以持久，于是决定杀回中原地区。同年十月，黄巢率军离开广州，向西北进发，攻取了桂州（广西桂林），控制了岭南全境。
回转荆浙
广明元年（880年），恰遇湘江水暴涨，义军便乘数十只大木筏顺流而下，沿着湘江，穿过永州、衡州，攻占了潭州（治今湖南长沙）。李系败走朗州。十万大军尽皆被杀，尸体遮蔽了宽阔的湘江。之后，尚让乘胜进攻江陵，号称五十万。江陵之前被王仙芝攻破过，焚烧屋舍，百姓都逃窜到了山谷之中。不久，李系的败讯传来，荆南节度使王铎见义军声势浩大，诸道兵又未赶到，以为江陵兵少难以固守，便退守襄阳。官军乘乱纵掠，恰逢下雪，百姓死伤甚多。黄巢占据了荆南，胁迫前岭南东道节度使李迢上书天子。李迢说道：“吾腕可断，表不可为。”黄巢大怒，杀了他。
尚让攻克了江陵后即与黄巢合兵进攻襄阳，恰逢江西招讨使曹全晸与山南东道节度使刘巨容坚守荆门，让沙陀人把坐骑赶到黄巢军营前，然后逃跑。但在荆门中了埋伏，被官军击败，损失甚大。
贼军认为他们胆怯。第二天，诸将骑着这些马出来作战，这些马听得懂沙陀语，一喊，就跑了回去，不能阻挡。官兵埋伏在林中，等马一跑进林中。大败之，抓获贼首十二人。黄巢害怕了，渡江东走，追击贼军，俘虏了十分之八。有人劝刘巨容继续追，刘巨容答道：“国家多辜负别人，危险不吝啬奖赏，事情平定就得罪，不如留下贼希望今后的幸福。” 因此没有追击黄巢收集余众，稍加休整遂渡过长江进攻鄂州（治今湖北武汉），攻破了外城。之后，又转而进攻饶、信、池、宣、歙、杭等十五州。这时黄巢军又得以发展，“众至二十万” 。
黄巢在江浙一带的胜利进军再次震撼了唐廷，唐僖宗一面任命淮南节度使高骈为诸道行营都统，命他迅速进攻义军，同时征调昭义、感化、义武诸道兵南下，与高骈协力作战。
广明元年（880年）三月，高骈遣其将张璘渡江南下，黄巢军连战失利，退守饶州（治今江西鄱阳）。张璘又乘胜进军，五月，黄巢又退守信州（治今江西上饶）。这时北方诸道军已兵临淮南，张璘又率兵追击甚急，而信州又恰遇疫病流行，义军士卒多死，元气大伤。
在义军处境十分危急的时刻，黄巢巧施缓兵之计：一方面用重金贿赂张璘，使其减慢进军；另一方面又致书高骈，表示“投降”。高骈中了黄巢圈套，以为大功告成，遂上奏朝廷，声称义军“不日当平，不烦诸道兵，请悉遣归”。
当黄巢获悉诸道兵已经北渡淮河，散归其镇，而且义军也恢复了作战能力，即抓住时机，一举杀死张璘，大败淮南兵，并乘胜攻占了睦州（治今浙江建德）、婺州（治今浙江金华）又攻占了宣州。
刘汉宏进攻宋州，抢掠申、光，来与黄巢会合，黄巢进逼广陵，渡过采石，进攻扬州。高骈按兵不出，所过镇戍，望风降贼。
朝廷本对高骈寄以厚望，这时见高骈告急，顿时慌了手脚，急忙下诏泰宁军节度使齐克让驻守汝州，任命曹全晸为天平节度使兼东面副都统。贼军当时驻守在滁州、和州，曹全晸的天平兵在淮上被打败。
宰相豆卢瑑建议：“救援军队未到，请给黄巢天平节度使，如果没有找到西，以精锐部队戍守宣武帝，塞你、郑路，寇贼首领可以导致了。” 卢携执不可，请“召诸道兵壁泗上，以宣武节度统之，则巢且还寇东南，徘徊山浙，救死而已”。诏可。前此已诏天下兵驻守溵水，禁止贼向北去。
于是徐州的三千兵马驻扎在许州，忠武军节度使薛能让徐州的三千兵马在馆驿中住下，结果徐州军闹事，忠武军部将周岌从溵水还军，杀了薛能，自称留后。徐军听闻变乱，大将时溥亦返回徐州，囚禁了其节度使支详。泰宁军节度使齐克让吓怕了，就引军回兖州了，溵水防线崩溃。 。
攻占洛阳
九月，义军渡过淮河。黄巢自称“率土大将军”，队伍从淮河以北整军而去，不抢劫财物，只有驱赶壮丁为兵罢了 。义军攻陷申州（治今河南信阳）之后，长驱进入颍、宋、徐、兖等州，所到之处，官吏四处逃散。
义军北渡淮河时，宰相豆卢瑑曾议请授黄巢为天平节度使，待其到镇时再发兵除掉他。另一宰相卢携执意不从，认为只要发兵守住泗州，义军不能入关，必还掠江、淮，便无能为力。不久义军北上，淮北告急，卢携遂惶愧称病不出，京师也充满了恐怖气氛。…