在这期间，华东地区高校进行局部调整。1949年10月，上海国立师专、上海市立体专、上海市立幼专三校学生共300人并入南京大学师范学院有关系科。1950年9月，安徽大学艺术组并入师范学院有关系科。1950年10月，接华东军政委员会教育部通知，校名去 “国立”两字而径称“南京大学”。
至1952年6月，南京大学设文法、师、理、工、农6个学院，共37个系。其中师范学院为5个系2个专修科，即：教育学系、幼稚教育学系、美术学系、音乐学系、体育学系、体育专修科、地理专修科。各学系毕业年限为四年，各专修科毕业年限为二年。
1950年12月，美国政府宣布冻结中国在美国的资金。与此同时，中国政府下令冻结美国在中国的财产，并颁布"关于处理接受美国津贴的文化教育救济机关及宗教团体的方针的决定"。1951年1月11日，教育部根据政务院决定，发出《关于处理接受美国津贴的教会学校及其他教育机关的指示》。16日，教育部召开处理接受外国津贴的高校会议。会议期间，美国基督教大学联合会托事部电邀各校派代表去香港与托事部代表商谈津贴费事宜。金大师生通过决议，不予回复，表示与美国教会断绝一切关系。会后，金大与金女院进行酝酿协商，决定由政府接管，两校合并，改为公立金陵大学。
1951年5月3日，华东军政委员会批准金大与金女院两校合并筹委会委员名单。1951年6月8日，华东教育部批准两校合并筹委会关于系科调整及招生计划。在两校合并后，仍设文、理、农三院共23个系、6个专修科、2个部。1951年8月6日，华东教育部批准金大与金女院合并方案，合并后仍名金陵大学。文学院设在原金女院校址，称金大宁部（宁海路）；理、农学院设在原金大校址，称金大津部（天津路）。9月15日，华东教育部批准新的公立金陵大学由李方训，吴贻芳、戈福鼎、樊庆笙、陈中凡、陈纳逊、高觉敷以及其他教师、学生代表共13人组成校务委员会。李方训、吴贻芳为正副主任委员。两校合并后，教职工为397人，在校学生为716人。公立金陵大学至1952年6月院系调整后结束。
1952年7月，教育部根据"以培养工业建设人才和师资为重点，发展专门学院，整顿和加强综合大学"的方针，进行全国高等院校院系调整。按照华东区的院系调整方案，南京大学、金陵大学两校校务委员会举行联席会议，分别组织南京大学、南京工学院、南京农学院和南京师范学院建校筹备委员会。南京师范学院以南京大学师范学院和金陵大学教育系、儿童福利等系科为基础与上海震旦大学托儿专修科、广州岭南大学社会福利系儿童福利组、南京师范专科学校数理班合并改建而成，院址设于原金陵女子文理学院（现南京师范大学随园校区）。中央人民政府教育部分别于11、12月任命陈鹤琴为南京师范学院院长，吴贻芳、纵翰民为副院长；任命高觉敷为教务长，胡颜立为总务长，熊子容为图书馆长。设立政治辅导处，白沙任主任。
南京师范学院初建以原金陵女子文理学院校产为基础，拥有土地191亩，校舍建筑面积中教学、办公用房为9448平方米，学生宿舍5837平方米，教职工生活用房5616平方米。实验室4个，仪器700余件。图书馆藏书及资料11.7万余册。到1956年，教学、办公用房增加8519平方米，师生生活用房增加1211平方米，另建保建所、琴房、解剖室、温室、洗衣房和浴室。图书馆藏书及资料25万余册。
1955年，根据中央教育部指示，为集中领导力量办好几个系科和文理分科的原则，南京师院与江苏师院相关系科进行调整。江苏师院的中文、生物、地理、美术系科并入南京师院，南京师院的数学、物理系科并入江苏师院。调整后，南京师院设中文、教育、幼教、地理、化学、生物、美术、音乐等八个系，中文、地理、生物、美术、音乐等五个专修科，并开办高师函授教育。
1960年，南京师院根据中央关于高等师范学校必须成为教育革命的学校、文化科学知识质量要迅速赶上综合性大学水平的指示，在课程设置、教学方法等方面进行教学改革。这一时期，教学和科研工作取得了一定的进步，在校学生数由1956年的2015人增至4396人，函授生达3000人，还创办了多科性业余大学招生842人，举办了农业高中师训班等。
1965年，在句容设立南京师院分部，中文、政教、生物三系200多名学生在句容分部进行半耕半读。
1969年12月，经江苏省革委会教卫办决定，江苏教育学院及江苏函授大学部分系科并入南师。南师的音乐、美术两系于1969年11月并入江苏省革命文艺学校（原南京艺术学院），1972年，两系又重新归属于南京师范学院，1976年，南京体院部分教职员调入南师体训组，不久与公体室合并建立体育系。
1972年，学校恢复招生。从1972年至1976年的五年中，共招收五届工农兵学员3755人，学制为三年，为江苏省中等学校培养了一批师资。
1984年，南京师范学院改名南京师范大学，简称南师大。
2000年，原化工部所属“南京动力高等专科学校”并入南京师范大学，南京师范大学逐渐建成以师范为特色的综合性教学研究型大学。
2014年，南京师范大学入选教育部卓越教师培养计划。
2015年8月31日，江苏省人民政府、新疆维吾尔自治区人民政府和教育部联合印发《关于共建南京师范大学和伊犁师范学院的意见》（苏政发〔2015〕98号），标志着该校成为新一批省部共建高校。
办学实力
师资队伍
截至2015年11月，南京师范大学共有在职教职工3240人，其中正高级职称549人，副高级职称895人；专任教师1870人，中国科学院院士1名，国家级有突出贡献专家6名，“百千万人才工程”国家级人选9名，教育部创新团队1个、长江学者特聘教授4名，国家“千人计划”人才3名，国家杰出青年科学基金获得者5名，国家级教学团队4个、国家教学名师3人，国家首批“万人计划”人选3人，教育部“新世纪优秀人才支持计划”人选13人，中科院“百人计划”人选1人。
中国科学院院士：李吉均（兼职）
国家级有突出贡献专家：周开亚、鲁洁、杨光、何永康、陈凌孚、王永贵
“百千万人才工程”国家级人选：宋永忠、田立新、闾国年、刘昌、夏锦文、计翔、郑洪波、王永贵、杨光
教育部创新团队：东亚季风区重大环境事件&气候突变过程与现代环境生态效应 （主持人：汪永进）
长江学者特聘教授：汪永进、郑洪波、杨光、谭桂林
国家“千人计划”学者：朱阿兴、汪艳秋、邓成
国家杰出青年科学基金获得者（名单不全）：汪永进、郑洪波、蔡祖聪、杨光
国家教学名师：朱晓进、董志翘、汤国安
院系概况
截至2015年11月，南京师范大学设有二级学院25个，开办本科专业99个，涵盖哲、经、法、教、文、史、理、工、农、医、管、艺等门类。
学科建设
截至2015年11月，南京师范大学拥有国家重点学科6个、国家重点（培育）学科3个，江苏高校优势学科10个，江苏省一级学科国家重点学科培育建设点5个，江苏省一级学科重点学科18个；2011年成立研究生院。拥有博士学位授权一级学科22个、博士学位授权二级学科专业（不含一级学科覆盖）4个，硕士学位授权一级学科37个、硕士学位授权二级学科专业（不含一级学科覆盖）10个，博士专业学位类别1个，硕士专业学位类别18个，博士后科研流动站22个。
国家重点学科：马克思主义基本原理、教育学原理、学前教育学、中国现当代文学、地图学与地理信息系统、动物学 …