1985年9月，上海工业大学在全国高校中率先实行“三制”，即学分制、选课制和三学期制。
1988年，上海工业大学计算机工程系和上海科技大学计算机科学系联合成立计算机学院（今上海大学计算机工程与科学学院），是上海高校中第一所计算机学院。
1988年，上海科技大学被国家教委列为用英语教学招收外国来华留学博士生的首批试点单位之一。同年，经市高教局批准，上海科技专科学校开始试办“3+1”本科班，学制四年，学生毕业后享受本科待遇。
1990年，上海大学中国文化研究所副所长张绥副教授应台湾学术届的邀请赴台进行学术交流，访问了辅仁大学、台湾大学、政治大学等多所台湾高校，是上海市第一位访台的人文学者。
1991年，工大与上海市科技创业中心合作创建上海工业大学科技园区（今上海大学国家大学科技园），是全国高校中的第一个科技园。同年，上海科学技术大学在上海市组织的工业生产重点科技攻关招投标中，承接攻关项目34项，总经费775.28万元，位列沪上高校第二名。
1994年5月27日（上海解放纪念日），上海工业大学、上海科学技术大学、原上海大学、上海科技高等专科学校四校优势互补，组建为新的上海大学，由全国政协副主席、中科院院士钱伟长教授担任校长。四校合并时，时任中共中央总书记、国家主席江泽民同志为新上海大学题写校名；李鹏总理为学校题词：“发扬光荣传统，培育跨世纪人才”；李岚清副总理为学校题词：“自强不息，砺志改革，发挥联合优势，提高教学质量，为祖国培养更多的优秀人才”；前国家主席杨尚昆、全国人大常委会副委员长费孝通、全国政协副主席安子介、海峡两岸关系协会会长汪道涵等也写了贺词；国家教委发来了贺电。
1994年7月，学校与澳大利亚悉尼科技大学合作举办的上海大学悉尼工商学院成立，是国内首家通过国家认证的中外合作商学院。 9月，上海大学知识产权学院成立，是全国高校中最早设立的两所知识产权学院之一。
1995年2月22日，学校与中国科学院在沪研究所签约合作组建上海大学生命科学学院，同日与上海社会科学院签定联合办学、培养研究生协议。 4月7日，上海大学影视艺术技术学院成立，是中国最早在综合性大学开设的影视艺术教育专业学院，首任院长为著名导演谢晋。
1996年12月，国家教委和上海市政府评审专家一致通过上海大学的“211工程”部门预审，翌年12月通过“211工程”建设立项可行性论证。由此，标志着上海大学“211工程”建设全面启动。
1999年9月12日，学校举行宝山校区启用暨开学典礼。该校区设施先进、规模宏大，占地面积2000余亩，是上海跨世纪标志性工程之一。
2003年10月，学校通过教育部本科教学工作水平评估，并获得“优秀”。
2004年8月，第七届全国大学生运动会在上海大学举办。
2006年，学校与法国工程技术大学集团合作举办的上海大学中欧工程技术学院成立，中法两国工程院院长徐匡迪院士和弗朗瓦·吉诺院士共同出席揭牌仪式。
2008年，学校被教育部、财政部列入国家大学生创新性实验计划项目。
2009年，被国家部委列入国家建设高水平大学公派研究生项目，成为首批与国家留学基金管理委员会签约的“211工程院校”之一。
2010年，被教育部评为首批50所“全国毕业生就业典型经验高校”之一。同年，被教育部列入第一批“卓越工程师教育培养计划”试点高校名单。
2011年3月，外交部批准成立上海大学上海合作组织公共外交研究院，上海合作组织秘书长穆拉特别克·伊马纳利耶夫发来亲笔签名的贺信表示祝贺。10月9日，上海大学钱伟长学院（前身是1997年钱伟长倡办的自强学院）宣告成立，是教育部批准设立的首批17所国家试点学院之一。10月17日，由文化部、中国文联与上海大学合作共建的中国艺术产业研究院揭牌成立。
2012年，学校举办纪念钱伟长校长100周年诞辰和庆祝新上海大学组建18周年暨上海大学成立90周年系列活动。
2012年，上海大学与中国科学院长三角地区各研究院所签署全面合作协议，翌年起双方在16个一级学科领域联合招收培养硕士研究生。
2012年12月20日，学校与中国艺术研究院在京签署合作协议。
2013年4月18日，教育部与上海市政府签署《关于共建上海大学的协议》。同年7月，学校被教育部评为“首批来华留学示范基地”单位。
2014年6月15日，上海大学与加拿大温哥华电影学院在上海国际电影节上联合宣布成立上海温哥华电影学院。同年9月，“中国艺术研究院上海分院”在上大挂牌并开始招收研究生。
2014年10月23日，为传承、发扬和光大老上海大学精神，学校举行溯园·上海大学（1922-1927）落成仪式。出席仪式的有老上大校长、于右任之子于中令，邵力子代理校长之孙邵美成，教务长叶楚伧之子叶容、社会学系主任瞿秋白外孙女李晓云、学生博古（秦邦宪）之女秦新华、秦吉玛等50余位老上大校友的后代。
2015年6月5日，中国社会科学院上海市人民政府上海研究院在上海大学设立。7月5日，上海大学上海电影学院在上海大学影视艺术技术学院基础上揭牌成立，著名导演陈凯歌受聘担任院长。9月初，中国文学艺术界联合会、中国作家协会与上海大学签约共建中国创意写作中心。
2016年1月，亚洲人口与可持续发展研究元中心总部正式迁入上海大学。6月，被列为国家国防科技工业局与上海市人民政府共建高校。8月，被教育部评为首批“全国创新创业典型经验高校”。12月11日，上海大学上海美术学院在上海大学美术学院基础上揭牌成立，中国文联副主席、美协副主席冯远受聘担任院长。12月13日，中国作家协会网络文学委员会上海研究培训基地落户上海大学。
学术研究
科研基地
截止2016年7月，学校
拥有1个省部共建国家重点实验室，1个省部共建国家重点实验室培育基地，1个科技部国际科技合作基地，1个国家体育总局体育社会科学重点研究基地，2个省部共建教育部重点实验室，1个教育部工程研究中心，2个上海高等教育内涵建设“085工程”项目，2个上海市协同创新中心，8个上海市重点实验室，3个上海工程技术研究中心，2个上海市专业技术服务平台，1个上海市人民政府决策咨询研究基地，3个上海市社会科学创新研究基地，2个上海高校E-研究院，1个上海高校智库建设项目，1个上海高校人文艺术创新工作室，2个上海高校人文社会科学研究基地，3个上海高校重点实验室，1个上海高校工程研究中心。
上海高校知识服务平台（2个）：上海公共艺术协同创新中心、上海新材料及应用产学研合作中心
上海高等教育内涵建设“085工程”项目（1个）：转型期长三角都市圈文化价值变迁研究
上海市人民政府决策咨询研究基地（1个）：文化繁荣与社会发展决策咨询研究基地
上海市社会科学创新研究基地（3个）：上海发展战略研究所李友梅工作室、电影产业与中国故事创新研究基地、都市美术资源与公共文化研究基地
上海高校E-研究院 （2个）：社会学E-研究院、现代力学E-研究院
上海高校智库建设项目（1个）：基层治理创新研究中心
上海高校人文艺术创新工作室（1个）：影视与新媒体创意制作工作室
上海高校人文社会科学研究基地（2个）：中国城市新移民问题研究中心、宗教与全球政治研究院
上海高校重点实验室（3个）：有机复合污染分析与控制、智能装备技术、材料微结构调控及能量转换
上海高校工程研究中心（1个）：能源动力重大装备关键材料 …