在1880年，阿奎纳被封为所有天主教教育机构的主保圣人。在今天，一座位于那不勒斯的修道院还留有一间据传阿奎纳住过的小房间，开放供游客参观。阿奎纳的圣人日后来被改到了1月28日，不过许多人还是将3月7日他去世的那天视为他的圣人日。阿奎纳的遗体在1369年被移至法国图卢兹的雅各宾教堂安葬，在1789年至1974年间曾被移至另一间会堂，但在1974年又被移回雅各宾教堂直到今日。
人物思想
哲学
“Nihil est in intellectu quod non prius in sensu. （没有任何智慧是可以不经由感觉而获得的）”——托马斯·阿奎纳
阿奎纳的哲学对于之后的基督教神学有著极大的影响，尤其是天主教。阿奎纳的思想也对西方哲学有重大影响，他保存并且修改了亚里斯多德学派的思想。在哲学上，他最重要的著作是《神学大全》，他在这一书里详细阐数了他的神学系统。
神迹
阿奎纳相信上帝所给予人类的启示可以分为两种：一般的启示以及特别的启示。一般的启示可以透过观察上帝创造的自然秩序而获得，这样的观察可以透过逻辑思考而获得重要的结论，例如认知到上帝的存在。阿奎纳也曾提出一个知名的“五个证明的方法”（Five Ways），用五个例子来证明上帝的存在。
虽然人可以透过对一般启示的逻辑思考认知到上帝的存在、以及一些与上帝有关的事物，但有一些其他知识必须是要透过特别的启示才能得知的。在阿奎纳来看，耶稣基督显示了上帝的存在便是特别的启示之一。而许多基督教的重要神学基础，例如三位一体的概念，也都需要透过教会和经籍的传播才能得知，而不能只透过逻辑思考获得。
在本质上，一般的启示和特别的启示其实是可以互相补充的，而不是互相对立的。
伦理
阿奎纳的伦理学是根基于他所谓“行为的第一原则”之上的。在《神学大全》中他这样解释道：
“美德代表了一些权力的运用。虽然人们是以结果来评价一件行动的是非，然而权力的结果只是行动而已。因此如果说权力是完美的，这也必须要取决于其行动才行。”
阿奎纳将审慎、节制、正义、以及坚忍列为人类的四大美德。这四大美德都是自然而与生俱来的，而且它们之间是互相连结的。不过，阿奎纳也指出三大神学上的美德：信仰、希望、以及慈善(charity)。这三大神学美德是超自然的，而且在他们的目标也与其他美德不同：
“上帝神学美德的目标是上帝本身，上帝是所有事物的尽头，超越了我们的理性所能取得的知识。在另一方面，智慧和道德的目标则可以为人类理性所理解。神学美德也因此与道德和智慧相当不同。”
除此之外，阿奎纳将法则分为四大项：永恒的、自然的、人类的、和神授的。永恒的法是上帝治理所有生物的根据，自然的法是人类在永恒法则中的“参与”部分、并且可以透过理性得知。自然法也是根基于他的“行为的第一原则”上：
“…所有法的基本原则是：美德要被促展并行使、邪恶要被避免。所有其他自然法的原则都是根基于此。”
而生存和繁殖的欲望则被阿奎纳视为是基本（自然的）人类价值观的基础，所有人类的价值观都是由此衍生。人类的法则是属于实际法，只能套用至人类。而自然法则可以套用至政府和社会上。神授法则是上帝透过经籍给予的启示。
阿奎纳否认人类对于动物负有任何慈善的责任，因为动物并不属于人类，否则以它们为食也是非法的了。不过这并不表示我们有权利虐待它们，因为“残忍的习惯可能会影响我们对待其他人类的方式。”
知识论
阿奎纳相信“任何能使人类认清真理的智慧都是由上帝所先行赋予的”。不过，他也相信人类天生便有能力在没有上帝启示的帮助下了解到许多知识，即使这种知识一直被启示亦然，“尤其是与信仰有关的事物上”。阿奎纳属于亚里斯多德学派、以及经验主义者，他也大为影响了之后这两个学派在西方哲学界的发展。阿奎那还指出，凡接近自然过程的办法就是最好的办法。在自然界，支配权总在单一的个体手中。统治宇宙万物的只有一个上帝，蜜蜂也只有一个王，因此国家由一个君主来治理，才是最好的政体，也才是最符合上帝的本意。
逻辑类比
阿奎纳哲学的重要架构之一是有关逻辑类比的理论。阿奎纳注意到语言的描绘可以有不同的形式：单义的、类比的、和模棱两可的。单义的词汇是用以形容两个基本上一样的事物。模棱两可的词汇则是用以形容两个并不相同的东西，并且属于逻辑上的谬误。而类比则是用以形容有一些相同特征、但又非完全相同的事物。当谈到上帝时一定会用到类比法，因为一些上帝创造的事物是被隐藏起来的（Deus absconditus）、而其他则是被显现出来以让人类观察的（Deus revelatus）。阿奎纳认为我们可以透过上帝所透露的事物（一般的启示）了解到他的存在，但只能够过类比的方法这样做。当我们谈到上帝的美德时，我们只能了解到那些在人类来看类似于上帝的美德的事物，但这些并不完全等同于上帝真正的美德。
作为神学家，阿奎纳面临的最大难题是如何把信仰和理性结合起来。为此，他把亚里士多德的“三段论”逻辑引入基督教教义中。比如，他类比论证说：
⒈既然自然界最终只有一个权力（大前提）；
⒉上帝是宇宙的主宰，君主是世俗的统治者（小前提）；
⒊那么，君权是神圣的。（结论）。
神学
阿奎纳认为神学是一种科学，以文字记载的经籍和教会传统作为学术的基本资料。
而这些基本资料则是来自于上帝在漫长历史中给予人类的启示。信仰和理性虽然是不同的、但却是互相关联的，这两者是研究神学资料的主要工具。阿奎纳相信这两者是研究神学所不可或缺的，更确实的说，若要了解有关上帝的知识，信仰和理性的交叉点是必须的。阿奎纳混合了希腊哲学和基督教的原则，主张应该理性的思考并研究自然，就如同研究上帝启示的方法一样。依据阿奎纳的说法，上帝透过自然给予人类启示，也因此研究自然便是研究上帝。而神学的最终目标，在阿奎纳来看，便是要运用理性以理解有关上帝的真相，并且透过真相获得最终的救赎。
阿奎纳相信神学，并主张君权神授。即君权来自神权，国王的权力是由上帝通过教会授予的，教权高于王权。
上帝
阿奎纳指出上帝的存在并非可以不证自明的，但却也不是无法证明的。在《神学大全》中他提出了证明上帝存在的五个证据，这个理论又常被称为“五个证明的方法”（quinquae viae）。
在讨论到上帝的本质时，阿奎纳认为证明上帝的最好方法，便是先排除那些不可能是上帝的东西，这个方法又常被称为否定神学。他提出了五个上帝可能拥有的属性：
·上帝是简单的，并没有各种组成的部位，例如身体或灵魂、或者物质和形式。
·上帝是完美的、毫无破绽的。亦即，上帝与其它事物的差异便在于完美无瑕这个特征上。
·上帝是无限的。亦即，上帝并没有如其它事物一般有着实体上的、智能上的、或情绪上的限制。但这个无限与体积或数量上的无限并不相同。
·上帝是永远不变的，上帝的本质和特征是无法改变的。
·上帝是一致的，上帝自己并没有多样的特征存在。上帝的一致性本质就如同上帝的存在一般。如阿奎纳所说的：“‘上帝存在’这段命题必然是真的，其主题和结论皆为如此。”
阿奎纳的这个证明方式也是来自于其它许多之前的思想家，如犹太哲学家迈蒙尼德（Maimonides）。
三位一体
阿奎纳主张上帝是完美又完整的，而且也可以以三位一体概念完整解释。这三个不同的位格（圣父、圣子、圣灵）由他们与上帝的联系所构成一体。圣父藉由自我意识的联系产生圣子，而圣子接着又产生永恒的圣灵，圣灵“拥有神授的爱戴上帝、爱戴圣天父的本质”。…